В Intel Борис Бабаян работает с августа 2004 года. Занимая должность директора по архитектуре в подразделении программных решений (Software Solutions Group) корпорации, он руководит глобальным проектом, включающим в себя работы в области архитектуры вычислительных машин, технологии двоичной компиляции и технологии безопасных вычислений, направленных на борьбу с вирусами. Одновременно в течение ближайших двух лет Борис Бабаян будет продолжать исполнять обязанности директора Института микропроцессорных вычислительных систем РАН. До перехода в Intel Борис Бабаян возглавлял совет директоров компании «Эльбрус Интернэшнл». До этого он занимал должность главного научного руководителя московского центра SPARC-технологий. С 1956 по 1996 год Бабаян работал в Институте точной механики и вычислительной техники, где со временем возглавил подразделение аппаратного и программного обеспечения. В 1964 году он получил степень кандидата технических наук, семь лет спустя стал доктором технических наук, а в 1984 году был избран членом-корреспондентом РАН. Борис Бабаян входит в состав редколлегий многих технических журналов, является автором многих книг и статей по архитектуре компьютеров. В 1974 году за разработку и внедрение комплексного оборудования для САПР, производство и управление комплексной электроникой Борис Бабаян получил Государственную премию. Тринадцать лет спустя за разработку и внедрение микропроцессорной вычислительной системы «Эльбрус-2» он удостоился звания лауреата Ленинской премии. За разработку и внедрение микропроцессорных вычислительных систем награжден тремя орденами. Является обладателем одиннадцати патентов США и пяти российских патентов.